由于FHS仅是定义出最上层(/)及次层(/usr, /var)的目录内容应该要放置的文件或目录数据， 因此，在其他次目录层级内，就可以随开发者自行来配置了。
2.1.4 目录树(directory tree)
在Linux底下，所有的文件与目录都是由根目录开始的。那是所有目录与文件的源头, 然后再一个一个的分支下来，因此，我们也称这种目录配置方式为：目录树(directory tree), 这个目录树的主要特性有：
目录树的启始点为根目录 (/, root);
每一个目录不止能使用本地端的 partition 的文件系统，也可以使用网络上的 filesystem 。举例来说， 可以利用 Network File System (NFS) 服务器挂载某特定目录等。
每一个文件在此目录树中的文件名(包含完整路径)都是独一无二的。
如果我们将整个目录树以图的方法来显示，并且将较为重要的文件数据列出来的话，那么目录树架构就如下图所示：
以下是对这些目录的解释：
/：根目录
一般根目录下只存放目录，不要存放文件，/etc、/bin、/dev、/lib、/sbin应该和根目录放置在一个分区中。
/bin
/usr/bin：bin是Binary的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。例如cp、ls、cat，等等。
/boot
这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件以及镜像文件。/boot/vmlinuz为linux的内核文件，以及/boot/gurb。建议单独分区，分区大小100M即可。
/dev
dev是Device(设备)的缩写, 该目录下存放的是Linux的外部设备文件，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。访问该目录下某个文件，相当于访问某个设备，其功能类似DOS下的.sys和Win下的.vxd。例如：/dev/hda代表第一个物理IDE硬盘。常用的是挂载光驱mount /dev/cdrom /mnt。
/etc
这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。不建议在此目录下存放可执行文件，重要的配置文件有/etc/inittab、/etc/fstab、/etc/init.d、/etc/X11、/etc/sysconfig、/etc/xinetd.d修改配置文件之前记得备份。注：/etc/X11存放与x windows有关的设置。
/home
用户的主目录，在Linux中，系统默认的用户家目录，新增用户账号时，用户的家目录都存放在此目录下，~表示当前用户的家目录，比如说有个用户叫zhong，那他的主目录就是/home/zhong也可以用~zhong表示。建议单独分区，并设置较大的磁盘空间，方便用户存放数据。
/lib
/usr/lib：/usr/local/lib：这个目录里存放着系统最基本的动态连接共享库，其作用类似于Windows里的DLL文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。系统使用的函数库的目录，程序在执行过程中，需要调用一些额外的参数时需要函数库的协助，比较重要的目录为/lib/modules。
/lost+found
这个目录一般情况下是空的，当系统不正常关机后，这里就成了一些无家可归的文件的避难所。对了，有点类似于DOS下的.chk文件。系统异常产生错误时，会将一些遗失的片段放置于此目录下，通常这个目录会自动出现在装置目录下。如加载硬盘于/disk 中，此目录下就会自动产生目录/disk/lost+found
/media
linux系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等等，当识别后，linux会把识别的设备挂载到这个目录下。
/mnt
系统提供该目录是为了让用户临时挂载别的文件系统的，我们可以将光驱挂载在/mnt/上，然后进入该目录就可以查看光驱里的内容了。光盘默认挂载点，通常光盘挂载于/mnt/cdrom下，也不一定，可以选择任意位置进行挂载。
/opt
这是给主机额外安装软件所摆放的目录。比如你安装一个ORACLE数据库则就可以放到这个目录下。默认是空的。如：FC4使用的Fedora 社群开发软件，如果想要自行安装新的KDE 桌面软件，可以将该软件安装在该目录下。以前的 Linux 系统中，习惯放置在 /usr/local 目录下。
/proc
此目录的数据都在内存中，如系统核心，外部设备，网络状态，由于数据都存放于内存中，所以不占用磁盘空间，比较重要的目录有/proc/cpuinfo、/proc/interrupts、/proc/dma、/proc/ioports、/proc/net/*等。这个目录是一个虚拟的目录，它是系统内存的映射，我们可以通过直接访问这个目录来获取系统信息。