相比系列前作，口袋妖怪日月分为两个版本尤其独特的意义 —— 本作世界里的时间，除了部分场景外，都与实际的时间连在一起的。
在口袋妖怪太阳里，时间会与 3DS 主机相同，而在口袋妖怪月亮版本里， 会有12小时的时差。
即使是相同的道路，由于白昼和黑夜时出现的宝可梦不同， 通过12小时的时差便可进行截然不同的体验。
不只是宝可梦，剧情事件亦会有所不同，因此(玩家)可享受在各自的世界中个中的乐趣。
而即使是同一个场景，有一些大自然的面貌是只有在太阳版或是只有月亮版才可看见的，尝试比较看看不同版本也是相当有趣。
当然，两个版本还有各自独占的宝可梦与神兽。
太阳版本神兽名为索尔迦雷欧，属性为超能力+钢，特性为金属防护，特别技能为流星闪冲，可无视对手的特性进行攻击。
月亮版本神兽名为露奈雅拉，属性为超能力+鬼，特性为幻影防守，特别技能为暗影之光，可无视对手的特性进行攻击。
吞噬太阳的神兽：索尔迦雷欧 & 邀月之兽：露奈雅拉