2005年XCP防拷软件争议
2005年十月，任职于Sysinternals的Mark Russinovich 揭露了索尼博德曼（Sony BMG）所销售的音乐CD，使用了一种称为rootkit黑客技术，在未知会使用者的情况下，安装数位版权管理软件（DRM）到使用者的电脑中。这套软件是由英国公司First 4 Internet所开发，称之为Extended Copy Protection（简称XPC）软件，一般使用者难以侦测与移除。在许多国家当中，这在未告知使用者径自安装软件是违法的行为，并且造成使用者系统的严重安全危害问题，同时影响使用者系统的效能。
索尼博德曼最初提供的移除软件，在移除rootkit之后又安装了另一个称为dial-home的程序。这造成了另一个更大的安全危害，并且使得索尼博德曼遭受更大的争议。索尼博德曼最后终于提供了一个真正的移除软件，并且回收交换含有XPC的音乐CD。同时，索尼博德曼也因此面临了数件相关的法律诉讼案。
CCD不良争议
自2004年后，开始索尼所生产的Cyber-Shot数码相机，2002~2003年之间推出的机型持续发生CCD感光元件自动故障问题，2005年10月5日索尼发布了因为一个关键的制程错误导致了除了索尼自身外，甚至采用Sony CCD感光元件的尼康（Nikon）、佳能（Canon）、富士（Fujifilm）、柯尼卡美能达（Konica Minolta）、理光（Ricoh）、奥林巴斯（Olympus），需要回收上百种不同的数位影像商品。此次故障原因之分析，目前一致指向连接CCD芯片和外框之焊接线发生老化导致脱落所造成，此问题约在使用者持续使用该器材一～二年之后才会逐一浮现。据了解此次存在缺陷的产品是由SONY半导体位于日本九州生产线所制造。两个主要的原因导致CCD缺陷的结果：一是该生产线调整了焊接线设备之设定，结果导致导线与电极的接合力度减小；另一个问题则是CCD表面玻璃封装黏合剂劣化，随著时间增长腐蚀了导线接合部位，进而造成CCD的故障。
索尼产品质量问题
2005年10月，索尼提供的CCD摄像元件质量缺陷导致七大日系数码相机厂商出现质量问题，索尼需要为100多款产品提供免费维修的，并遭到合作厂商的集体索赔。当年12月，索尼6个型号数码相机因质量问题被浙江省工商局责令停止销售并立案调查。索尼就相机质量先后发表三次声明，虽然委婉地公开承认了产品不合格的事实，并向中国消费者道歉，但却以不影响消费者的健康为理由拒绝召回问题数码相机，只表示“如果用户希望退货，索尼（中国）也将给予办理”。
索尼产品
2006年，索尼持续深陷产品质量问题的怪圈中，令索尼元气大伤的是震惊业界的“笔记本电池”召回事件，问题电池事件直接导致索尼2006/2007财年的利润预期下调62%。索尼的失误波及到其他产品，曾经令索尼自豪，令用户为之倾倒的PS游戏机产品也出现了明确的失误。在PS3发布不久之后，就有玩家发现了其在兼容性方面的问题——并不是所有PS及PS2游戏都能在PS3上正常运行。尽管索尼通过提供升级软件加以弥补，但是可以肯定的是，索尼PS2时代积累的大量游戏资源并不能完全被PS3平台消化，这无疑给PS3的市场号召力打了一个折扣。
2008年索尼质量问题主要集中在笔记本产品上。
索尼FZ35款笔记本电脑的主板被爆存在设计缺陷。投诉者表示，因为购买的笔记本还在保修期内，索尼维修部为他们免费更换了机器或主板，但索尼否认的这款笔记本有设计缺陷。
索尼自2008年1月之后生产的CR系列笔记本被指出现短命现象，这个曾一度占领了索尼笔记本的“销量冠军”的笔记本系列，几乎都是在消费购买一周后就被发现有问题。
2009年质量问题涉及产品线扩大。
先是层出不穷的电视问题。年初，索尼液晶背投电视KF-E42A10等5款问题电视出现软件问题，索尼采取了免费上门服务的方式为用户进行电视软件升级，但并不提供任何赔偿。2009年3月，郑州市民康先生花了1.8万元买的索尼彩电，“没想到维修彩电的费用就要近1.5万元，和买一台新彩电差不多。”南昌市民万先生1月15日花了1万8千元的高价在南昌市叠山路大众商场的SONY专柜买回一台SONY52寸液晶。然而好景不长，不仅新买彩电出了质量问题，售后人员的服务态度更是让他为之气愤。在多次与售后及厂商交涉无果的情况下，万般无奈的万先生进行投诉。
再有相机问题。8月20日，索尼中国分公司在其官方网站上发布了一则产品公告，通知称将免费为消费者更换自2008年4月起销售的Cyber-shot数码照相机DSC-W170外壳零件。8月末，315消费电子投诉网相继接到全国多起有关索尼T20数码相机的投诉，“开机莫名抖动”成了投诉关键词。深圳罗先生对自己因买了索尼FX1000E问题相机而引发的维权过程深有感触，“索尼一直对消费者的搪塞和推脱，沟通中除了反馈的回答话外无任何其他作为，索尼的每次推脱一步一步的都在考验消费者，对投诉‘躲猫猫’和‘耍太极’似乎也成为他们的处理方式。皮球踢来踢去，转眼近5个月过去了，原本有的消费愉悦已经被眼前的机器鸡肋般的感觉所取代。企业在售后服务中沉默或推脱，其后果不是让用户的不满情绪哪天像‘火山一样的喷发’，就是让用户对企业绝望而心灰意冷。无论哪一种结果，相信都不是索尼所愿意看到的。”